Algoritmikus kérdések a bioinformatikában

1. hét: Molekuláris biológiai alapok; Mintaillesztés véges automatával;

2. hét: Boyer-Moore algoritmus; véges automata használata a preprocesszálás során;   

3. hét: Szuffix-fák, szuffix-tömbök,

4. hét: Dinamikus programozási algoritmusok szekvenciaillesztésre globális és lokális verzióban, általánosított büntetőfüggvények,

5. hét: A többszörös illesztés algoritmikus bonyolultsága, közelítő algoritmusok a többszörös illesztésre;

6. hét: Fizikai feltérképezés: restrikciós enzimeket használó módszerek, a kapcsolódó algoritmikus problémák bonyolultsága, visszalépéses algoritmus a "partial digest" esetben;

7. hét: Hibridizációt használó módszer a fizikai feltérképezésre, hibridizációs mátrix, PQ-fák;

8. hét: Legrövidebb szuperszó probléma, bonyolultsága, közelítő algoritmusok;

9. hét: Genomok átrendeződése, matematikai modellek, előjeles és előjel nélküli permutációk rendezése;

10. hét: Szintenikus távolság meghatározása, Evolúciós fák meghatározása metrikus és ultrametrikus távolságon alapuló módszerekkel, Evolúciós fa meghatározása bináris tulajdonságok alapján;

11. hét: Haplotípus-meghatározás; a kapcsolódó algoritmikus probléma bonyolultsága;

12. hét: Fehérje-interakciós hálózatok vizsgálata, súlyozott k-hosszú utak keresése;

13. hét: RNS másodlagos szerkezetének előrejelzése, dinamikus programozási algoritmusok, sztochasztikus CF nyelvtanok;

14. hét: Molekulák térszerkezetét is figyelembe vevő mintaillesztési feladat, ennek bonyolultsága;