Tantárgy » BMEVIMIAV06
Bioinformatika laboratórium
Bioinformatics Laboratory
A tantárgyleírás hatályossága
Hatályosság kezdete:
—
Hatályosság vége:
—
| Tantárgy neve (magyarul, angolul) |
Bioinformatika laboratórium
Bioinformatics Laboratory
|
||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Tantárgykód | BMEVIMIAV06 | ||||||||||||
| Tantárgyjelleg | — | ||||||||||||
| Képzési szint | — | ||||||||||||
| Kurzustípusok és óraszámok (heti/féléves) |
|
||||||||||||
| Tanulmányi teljesítmény/értékelés típusa | félévközi érdemjegy | ||||||||||||
| Tantárgy kreditértéke | 2 | ||||||||||||
| Tantárgyfelelős |
DR. Antal Péter
beosztás: egyetemi docens
elérhetőség:
antal.peter@vik.bme.hu
|
||||||||||||
| Tantárgyat gondozó oktatási szervezeti egység |
—
|
||||||||||||
| Kar | |||||||||||||
| Tantárgy weboldala | — | ||||||||||||
| Tantárgy elsődleges mintatantervi jellege | — | ||||||||||||
| Közvetlen előkövetelmények – Erős előkövetelmény | nincs | ||||||||||||
| Közvetlen előkövetelmények – Gyenge előkövetelmény | nincs | ||||||||||||
| Közvetlen előkövetelmények – Párhuzamos előkövetelmény | nincs | ||||||||||||
| Közvetlen előkövetelmények – Mérföldkő előkövetelmény | nincs | ||||||||||||
| Közvetlen előkövetelmények – Kizáró feltétel | nincs |
Célkitűzés
Tantárgyprogram
A laborfoglalkozásokon a következő témákhoz tartozó szoftvereszközök használata lesz bemutatva:
- Szekvenciaillesztés
- Motívumkeresés
- Filogenetika faépítés
- Újgenerációs szekvenálási adatok: genomösszeállítás
- Újgenerációs szekvenálási adatok: genetikai variánsok detekciója
- Génprioritizálás
- SNP prioritizálás, kísérlettervezés
- Genomikai adatok előkészítése, normalizációja
- Genetikai asszociációs elemzések
- Génexpressziós adatok elemzése
- Omikai adatok útvonal elemzése
- Oksági elemzés
- Diagnosztikai és döntéstámogató modellek építése
- Bioinformatikai nyelvek és munkafolyamatrendszerek
A bioinformatika területeinek, például a szekvenciaelemzéseknek, strukturális modellezésnek, rendszerbiológiának, klinikai genomikának, farmakogenomikának közös jellemzője a szoftvereszközök, web-szolgáltatások, illetve adat- és tudásbázisok sokasága. Az elméleti alapok, algoritmikus problémák megismerése mellett egyre nagyobb hangsúlyt kap az ipari alkalmazás és integráció. A tárgy alapvető eszközök használatát ismerteti, és arra ad lehetőséget, hogy a hallgatók már létező megoldásokról személyes tapasztalatot szerezzenek. A tárgy célkitűzése szerint ez mind akár a korábban megszerzett tudásnak az elmélyítését elősegítheti, vagy éppen a gyakorlattól kiindulva további elméleti ismeretek megszerzésére is sarkallhat.
Tanulmányi eredmények
Ez a tantárgy a KKK rendeletben meghatározott, következő kompetenciák fejlesztését szolgálja:
Tudás
Nincsenek rögzített tanulási eredmények.
Képességek
Nincsenek rögzített tanulási eredmények.
Attitűd
Nincsenek rögzített tanulási eredmények.
Autonómia és felelősség
Nincsenek rögzített tanulási eredmények.
Oktatási módszertan
számítógépes laboratórium
Tanulástámogató anyagok
Online források
Biological Sequence Analysis : Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids by Richard Durbin (Author), Sean R. Eddy (Author), Anders Krogh (Author), Graeme Mitchison (Author) ; Bioinformatics: The Machine Learning Approach, Second Edition (Adaptive Computation and Machine Learning) by Pierre Baldi, Soren Brunak
A tantárgy teljesítéséhez ajánlott előzetes ismeretek
Tudás típusú kompetenciák
(azon előzetes ismeretek összessége, amelyek megléte nem kötelező, de a tantárgy eredményes teljesítését nagyban elősegíti)
Ajánlott: Valószínűségszámítás, Algoritmusok elmélete, Adatbázisok, Mesterséges intelligencia
Képesség típusú kompetenciák
(azon előzetes képességek és készségek összessége, amelyek megléte nem kötelező, de a tantárgy eredményes teljesítését nagyban elősegíti)
nincs
Ajánlott (nem kötelező) előzetesen megszerzendő kompetenciák
(azon ajánlott (nem kötelező) előzetesen megszerzendő kompetenciák összessége, amelyek jelentősen hozzájárulnak a tantárgy eredményes teljesítéséhez)
Ajánlott: Valószínűségszámítás, Algoritmusok elmélete, Adatbázisok, Mesterséges intelligencia
Általános szabályok
Követelmények:
a. A szorgalmi időszakban: laborgyakorlatonkénti számonkéréssel és teljesítéssel, amelyre a hallgatók jegyet kapnak. A jegyek átlaga határozza meg az évvégi osztályzatot.
b. A vizsgaidőszakban: -
c. Elővizsga: -
Az évvégi osztályzatot a félév során kapott jegyek átlaga határozza meg.
Pótlási lehetőségek:
Három alkalom pótlása lehetséges.
Teljesítményértékelési módszerek
Szorgalmi időszakban végzett teljesítményértékelések részletes leírása
Nincs megadva részletes értékelés.
Szorgalmi időszakban végzett teljesítményértékelések részaránya
Nincs megadva részarány.
Vizsgaidőszakban végzett teljesítményértékelések részletes leírása
Nincs megadva részletes értékelés.
Vizsgarészek részaránya
Nincs megadva részarány.
Érdemjegy megállapítása
Nincs megadva érdemjegy határ.
Jelenléti és részvételi követelmények
Nincs megadva jelenléti követelmény.
Javítás, ismétlés és pótlás különös szabályai
Nincs megadva.
Rövid leírás
Nincs megadva.
Részletes leírás
Nincs megadva.
Ajánlott tantárgyak
-
A tantárgy elvégzéséhez szükséges tanulmányi munka
Nincs megadva munkaidő bontás.
Tantárgykövetelmények hatályossága
Tantárgykövetelmények hatályosságának kezdete:
—
Tantárgykövetelmények hatályosságának vége:
—
Tantervi elhelyezés
Nincsenek rögzített tantervi elhelyezések ehhez a tárgyverzióhoz.